مراسم دفن را در کمال خفا و پنهانى و با سرعت انجام دادند. مبادا دشمنان مطلع شوند و از دفن زهرا (علیهاالسلام) مانع گردند. اما همین که على (علیه السلام) از دفن فارغ شد، غم و اندوه فراوان بر او هجوم آورد. اى خدا! چگونه یادگار رسول خدا را در زمین مدفون نمودم! چه همسر مهربان و با صفا و صداقت و پاکدامن و فداکارى را از دست دادم! خدایا بواسطه ى دفاع از من چه صدماتى را تحمل کرد! چقدر در خانه ام زحمت کشید! آه از دردهاى درونى زهرا! آه از پهلوى شکسته و بازوى ورم کرده و کودک سقط شده ى زهرا! خدایا امیدوار بودم تا آخر عمر با همسر مهربانم بسر برم، اما افسوس و صد افسوس که مرگ در بین ما جدایى افکند، آه با کودکان یتیم زهرا چکنم؟.
در تاریکى شب متوجه قبر رسول خدا (صلّى اللَّه علیه و آله و سلّم) شد و عرض کرد: سلام بر تو اى رسول خدا، از من و از جانب دختر عزیزت که هم اکنون به خدمتت مى رسد، و در جوارت مدفون شد، و زودتر از همه به تو پیوست. یا رسول اللَّه صبر من تمام شد، اما چاره اى ندارم، باید چنانکه در مصیبت تو صبر کردم در فراق زهرا (علیهاالسلام) نیز شکیبایى نمایم. یا رسول اللَّه تو در دامن من قبض روح شدى. دیدگانت را من بستم. من بودم که بدن شریفت را در قبر نهادم. آرى صبر مى کنم و میگویم: انا للَّه و انا الیه راجعون. یا رسول اللَّه آن ودیعه را که به من سپرده بودى هم اکنون به سویت بازگشت. زهرا از دست من ربوده شد. زمین و آسمان از نور و زیبایى افتاد. یا رسول اللَّه اندوه مرا پایانى نیست. خواب به دیدگانم راه ندارد. غم و غصه هاى من تمام نمى شود مگر این که بمیرم و به نزد تو بیایم. همانا غم و اندوهى است که از جراحت هاى قلب جارى مى شود. غصه اى است که تهییج و تحریک شده است. انجمن با صفاى ما چه زود از هم پاشید؟! درد دلم را با خدا مى گویم.
یا رسول اللَّه دخترت برایت خبر مى آورد که امت اجتماع کردند و خلافت را از من گرفتند. حق زهرایت را غصب نمودند. یا رسول اللَّه احوال و اوضاع را با اصرار از فاطمه (علیهاالسلام) بپرس. زیرا چه بسیار درد دلهایى داشته که نتوانسته اظهار کند، ولى براى تو خواهد گفت. شاید خدا در بین ما و این مردم داورى کند. یا رسول اللَّه با تو وداع مى کنم ولى نه از آن جهت که از بودن سر قبرت خسته شده ام، اگر از حضورت بروم نه از آن است که ملول شده ام. و اگر سر قبرت بمانم نه از آن جهت است که وعده هاى خدا را درباره ى صبر کنندگان باور نداشته باشم. باز هم صبر و شکیبایى از همه چیز بهتر است.
یا رسول اللَّه اگر بیم چیره گى دشمنان نبود در آرامگاهت اقامت مى گزیدم، و در این مصیبت بزرگ گریه و ناله مى کردم. یا رسول اللَّه اوضاع ما چنین بود که ناچار شدیم دخترت را مخفیانه و در تاریکى شب به خاک بسپاریم. حقش را گرفتند و از ارث محرومش نمودند. یا رسول اللَّه، دردهاى درونى خودم را به خدا عرض مى کنم و این مصیبت دردناک را به شما تسلیت مى گویم، درود بر تو و همسر مهربانم. [بحار ج 43 ص 211- 193.] على (علیه السلام) از ترس دشمن قبر فاطمه را با خاک هموار نمود. صورت هفت یا چهل قبر تازه در نقاط مختلف درست کرد تا جاى حقیقى آن شناخته نشود [بحار ج 43 ص 183.] سپس به خانه برگشت.
عمر و ابوبکر و سایر مسلمین، بامداد، به عزم تشییع جنازه به سوى خانه ى على (علیه السلام) حرکت نمودند، ولى مقداد اطلاع داد که بدن زهرا دیشب به خاک سپرده شد. عمر به ابوبکر گفت: نگفتم که چنین مى کنند؟ عباس گفت: چون خود فاطمه (علیهاالسلام) وصیت کرد که شبانه دفنش نماییم، بر طبق وصیتش عمل نمودیم.
عمر گفت: دشمنى و حسد شما بنى هاشم تمام شدنى نیست. من تصمیم دارم قبر فاطمه را بشکافم و بر او نماز بخوانم.
على بن ابى طالب (علیه السلام) فرمود: اى عمر به خدا سوگند اگر بخواهى چنین کارى را انجام دهى با شمشیر خونت را مى ریزم. هرگز اجازه نمى دهم که بدن زهرا (علیهاالسلام) را از قبر بیرون بیاورى. عمر وقتى وضع را خطرناک دید از تصمیمش منصرف گشت. [بحارالانوار ج 43 ص 199.]