بیمارى زهرا (علیهاالسلام) شدت یافت و حالش خطرناک شد. على بن ابى طالب (علیه السلام) جز براى کارهاى ضرورى از کنار بستر همسرش جدا نمى شد اسماء بنت عمیس از آن حضرت پرستارى مى کرد. حسن و حسین و زینب و ام کلثوم که مادرشان را بدان حال مى دیدند کمتر از او جدا مى شدند. فاطمه گاهى از شدت مرض بیهوش مى گشت و گاهى چشم هایش را باز مى کرد و به اطفال عزیزش نگاه حسرتى مى نمود.
على بن ابى طالب علیه السلام مى فرماید: زهرا دم احتضار چشم هایش را باز کرد. نگاه تندى به اطراف افکند و گفت: السلام علیک یا جبرائیل. السلام علیک یا رسول اللَّه، خدایا با پیغمبرت محشورم کن. خدایا در بهشت و در جوار خودت ساکنم گردان. آنگاه به حاضرین فرمود: اکنون فرشتگان خدا و جبرائیل حاضرند . پدرم نیز حضور دارد و به من مى فرماید: زودتر به نزد ما بشتاب که اینجا برایت نیکوتر است. [دلائل الامامه ص 44.] على (علیه السلام) مى فرماید: فاطمه در شب وفات به من فرمود: پسر عمو! هم اکنون جبرئیل براى عرض سلام نزدم حاضر شده مى گوید: خدا سلامت مى رساند و مى فرماید: نزدیک است در بهشت با پدرت ملاقات نمایى. سپس فرمود: و علیکم السلام. بعداً به من فرمود: اى پسر عم اینک میکائیل نازل شد و از جانب خدا پیام آورد. سپس فرمود: و علیکم السلام. در این هنگام چشم هایش را باز کرد و فرمود: پسر عمو به خدا سوگند عزرائیل است، براى قبض روح من آمده. آنگاه به عزرائیل فرمود: روح مرا بگیر ولى با من مدارا کن. در آخرین لحظه ى حیات فرمود: پروردگارا به سوى تو مى آیم نه به سوى آتش. این کلمات را گفت و چشم هاى نازنیش را بست و دست و پایش را دراز کرد و جان به جان آفرین تسلیم نمود.
«اسماء بنت عمیس» جریان وفات زهرا علیهاالسلام را چنین تعریف مى کند: هنگامى که وفات فاطمه نزدیک شد به من فرمود: جبرئیل در وقت وفات پدرم قدرى کافور برایش آورد. آنها را سه قسمت نمود یک قسمت را براى خودش برداشت، یک قسمت را براى على (علیه السلام) گذاشت یک قسمت را به من داد و در فلان جا نهاده ام، اکنون بدان احتیاج دارم آن را حاضر کن. اسماء کافور را حاضر کرد. آنگاه خودش را شستشو داد وضو گرفت و به اسماء فرمود لباس هاى نمازم را حاضر کن، و بوى خوش برایم بیاور.
اسماء لباسها را حاضر نمود، پس آنها را پوشید و بوى خوش استعمال کرد و رو به قبله در بسترش خوابید و به اسماء فرمود: من استراحت مى کنم، ساعتى صبر کن پس مرا صدا بزن، اگر جواب نشنیدى بدان که از دنیا رفته ام، على (علیه السلام) را زود خبر کن، اسماء مى گوید: قدرى صبر کردم آنگاه به درب حجره آمدم زهرا را صدا زدم ولى جوابى نشنیدم، وقتى لباس را از صورتش کنار زدم دیدم از دنیا رفته است. روى جنازه اش افتاده مى بوسیدم و مى گریستم. ناگاه حسن و حسین (علیهماالسلام) از در وارد شدند. احوال مادرشان را پرسیدند و فرمودند: اکنون موقع خواب مادر ما نیست گفتم: اى عزیزانم مادرتان از دنیا رفت.
حسن و حسین (علیهماالسلام) روى جنازه ى مادر افتادند و آن را مى بوسیدند و گریه مى کردند. حسن مى گفت: مادر جان با من سخن بگو. حسین مى گفت: مادر جان من حسین توام، پیش از آنکه روح از بدنم مفارقت کند با من سخن بگو. یتیمان زهرا به جانب مسجد شتافتند تا پدرشان را از جریان مرگ مادر خبردار کنند وقتى خبر مرگ زهرا به على (علیه السلام) رسید از شدت غم و اندوه بیتاب شد و فرمود: اى دختر پیغمبر! وجود تو تسلّى بخش من بود، بعد از تو، از که تسلیت جویم؟ [بحارالانوار ج 43 ص 186.]