حضرت فاطمه علیهاالسلام یکى از پنج نفرى بود که در جریان مباهله با نصارى حضور داشت. داستان از این قرار است:
در سال دهم هجرت گروهى از نصاراى نجران، به قصد بحث و کنجکاوى خدمت رسول خدا رسیدند، دو نفر از بزرگان آنها به نام «سید» و «عاقب» و اسقف بزرگ آنها به نام «ابوحارثه» در این جمع حضور داشتند. مسائل مختلف و از جمله کیفیت خلقت حضرت عیسى علیه السلام مورد بحث قرار گرفت. پیامبر اکرم صلّى اللَّه علیه و آله آیاتى از اوائل سوره ى آل عمران را برایشان تلاوت فرمود. بحث به جدل کشید. در آن هنگام این آیه نازل شد:
(فَمَنْ حاجَّکَ فِیهِ مِنْ بَعْدِ ما جائَکَ مِنَ الْعِلْمِ فَقُلْ تَعَالَوْا نَدْعُ اَبْنائَنا وَ اَبْنائَکُم وَ نِسائَنا وَ نِسائَکُمْ وَ اَنْفُسَنا وَ اَنْفُسَکُمْ ثُمَّ نَبْتَهِلْ فَتَجْعَلْ لَعْنَةَ اللَّهِ عَلَى الْکَاذِبینَ» . [آل عمران 61.] یعنى: هر کس که بعد از ورود علم (آیات) بر تو، جدال مى کند به آنها بگو: بیائید تا ما فرزندان خودمان را و شما هم فرزندان خودتان را، و ما زنان خودمان را و شما هم زنان خودتان را، و ما نفوس خودمان را و شما نفوس خودتان را (براى مباهله و نفرین) دعوت کنیم و از خدا تقاضا کنیم که دروغگویان را مورد طرد و لعن خود قرار دهد.
رسول اکرم نیز بر طبق دستور خداوند متعال نصاراى نجران را به مباهله دعوت نمود. آنها نیز پذیرفتند لیکن پیشنهاد کردند که تا روز بعد تأخیر بیفتد.
جماعت نصارى موضوع مباهله را با خودشان به مشورت گذاشتند. ابوحارثه اسقف بزرگ آنها گفت: باید منتظر فردا باشیم تا محمد با چه کسانى به مباهله مى آید. اگر با خانواده و فرزندانش آمد. معلوم مى شود به گفته ى خود یقین دارد که عزیزترین افراد را در معرض خطر قرار مى دهد، در اینصورت صلاح نیست که وارد مباهله شویم. و اگر با چند نفر از اصحابش به مباهله آمد معلوم مى شود در گفتارش شک دارد، در این صورت با او مباهله خواهیم نمود.
روز بعد نصاراى نجران به میعادگاه آمدند، مسلمین نیز اجتماع کرده بودند. در این هنگام پیامبر را دیدند که به اتفاق یک جوان و یک زن و دو کودک به سوى میعادگاه مى آید. اسقف بزرگ از مسلمانها پرسید اینها چه کسانى هستند؟.
گفته شد: آن جوان على ابن ابى طالب پسرعم و داماد محمد است. آن زن فاطمه دختر پیامبر و عزیزترین افراد مى باشد و آن دو کودک حسن و حسین فرزندان فاطمه و على هستند.
رسول خدا به اتفاق این چهار نفر وارد شد و براى مباهله دو زانو روى زمین نشست. ابوحارثه وقتى این منظره را دید به همراهانش گفت: به خدا سوگند محمد با اطمینان و جرأت کامل همانند پیامبران نشسته و آماده مباهله است. صورت هائى را مشاهده مى کنم که اگر از خدا بخواهند کوه از جا کنده مى شود. مى ترسم اگر بر ما نفرین کنند همه مسیحیان روى زمین به هلاکت برسند. مصلحت نیست مباهله کنیم. از مباهله منصرف شدند و خدمت رسول خدا رسیده تقاضاى مصالحه کردند که مورد قبول قرار گرفت. [مجمع البیان ج 2 ص 452- الکامل فى التاریخ ج 2 ص 293- روح البیان ج 2 ص 44.] قضیه مباهله داستانى است معروف که در شأن آن آیه ى مذکور نازل شده است و سنى و شیعه اتفاق دارند که رسول خدا صلّى اللَّه علیه و آله جز على و فاطمه و حسن و حسین علیهم السلام را براى مباهله پیشنهاد نکرد. و این فضیلتى است بزرگ براى حضرت فاطمه و هم چنین براى شوهرش حضرت على و براى دو فرزندش حسن و حسین سلام اللَّه علیهم اجمعین. جالب این جاست که در آیه مذکور حسن و حسین به عنوان فرزندان رسول خدا و فاطمه به عنوان زن بیت پیامبر، و على بن ابى طالب به عنوان نفس پیامبر معرفى شده اند.